En plus des commandes classiques à la Maple ou Mathematica, MuPAD met à la disposition de l'utilisateur des ``domaines'' permettant une programmation objet, comme en Axiom. On distingue deux types de domaines : les domaines ``informatiques'' permettant juste une surcharge automatique des commandes, et les domaines ``mathématiques'' ayant en plus les notions d'héritage, et surtout permettant de garantir que tous les calculs se font bien dans la bonne structure mathématique.